Le fonctionnement diffère selon que le pasteur demandeur est en activité ou à la retraite.
Il est le suivant (après les remboursements de l’assurance maladie et de la mutuelle) :
Pour les pasteurs actifs, la démarche est à trois niveaux :
1. le pasteur transmet une demande au Secrétariat de sa région EPUdF,
2. qui transmet au Secrétariat National,
3. qui transmet à l’Entraide Médicale Protestante Pastorale.
Pour les pasteurs retraités, la démarche est à deux niveaux :
1. le pasteur transmet une demande à la Fondation pour les ministres des Églises protestantes de France,
2. qui transmet à l’Entraide Médicale Protestante Pastorale.